Cytoscape - データ可視化の道具箱

どんなツールか？

ブラウザ上で、表データや GEXF / GraphML からネットワーク（グラフ）図を作成するツールです。ノード（点）とエッジ（線）で関係性を可視化し、次数やコミュニティなどの指標で色・サイズを付け、凡例付きの図として書き出せます。

Excel からエッジリストを貼り付けるだけで、共起ネットワークのような図を短時間で仕上げられます。デスクトップアプリの Cytoscape と同じ系統の Cytoscape.js を使っており、ソーシャルネットワークや複雑ネットワークの可視化にも利用できます。

データの読み込み — GEXF、GraphML、CSV/TSV をアップロード。Excel からの貼り付けと、始点・終点・重みの列対応付けに対応
サンプルデータセット — Les Misérables、Game of Thrones などの社会的ネットワーク、科学的ネットワーク、共起CSV
有向 / 無向 — 無向では矢印を消し、共起ネットワークとして読める。線の形状（Bezier / 直線 / Haystack）も切替可能
計算指標 — 次数、重み付き次数、コミュニティ（Louvain）を自動計算。読み込み直後はサイズ＝次数、色＝コミュニティ、エッジ太さ＝重み
スタイリング — カテゴリ／連続の尺度切替、複数パレット（色覚安全を含む）、サイズ範囲の調整、ラベル表示（すべて / 上位N件 / 選択時 / なし）
読める図 — 凡例、ホバーで属性表示、クリックで近傍ハイライト、タイトル・出典
レイアウト — Cose（物理シミュレーション、既定）、Circle、Concentric、Breadthfirst、Grid、Random。フィットで全体を画面に収める
エクスポート — PNG（タイトル・凡例・出典込み）と SVG
プロジェクトの保存・読込 — サーバーにプロジェクトを保存し、後から復元可能

グラフ専用の XML 形式です。ノードとエッジの属性（カテゴリ、重み、座標など）を豊富に記述できます。Gephi や NetworkX など多くのツールからエクスポート可能です。

スプレッドシートや Excel から手軽に作成できる形式です。ファイル読込のほか、表の貼り付けにも対応します。

ヘッダー行が必須です
始点と終点の列を指定します。source / from / 始点 と target / to / 終点 は自動推定します（大文字小文字は区別しません）
重み列（weight / value / 重み など）がある場合はエッジの太さに使えます
同じ始点・終点の行が複数ある場合は、重みを合計して集約できます
それ以外の列はエッジの属性として読み込まれます
ノードはエッジの情報から自動的に生成されます
読み込み後、ノードサイズは次数、色はコミュニティが初期値になります

source,target,weight,type
Alice,Bob,1.0,friends
Bob,Carol,2.5,colleagues
Alice,Dave,0.8,family

日本語ヘッダでも読み込めます。

始点,終点,重み
Alice,Bob,1.0
Bob,Carol,2.5
Alice,Dave,0.8